（三）部分收費公路經營權轉讓不規范。
審計調查山東、江蘇、浙江等10?。ㄊ校?06個公路經營權轉讓項目發現，一是地方政府越權和違規審批經營權轉讓項目64個，占轉讓項目數的60％。如上海市滬杭高速公路等12條公路發生收費權轉讓18次，其中有12次未經有關部門審批。1996至2003年，安徽省有關單位未報經交通部批準，擅自將連霍公路等4條含有國家財政投資或國道主干線公路的經營權對外轉讓，并采取“化整為零”等方式違規審批。二是用銀行貸款抵頂轉讓金。部分地方轉讓18個項目獲取的243億元資金中，有170億元是受讓方以被轉讓公路作質押取得銀行貸款支付的，占70％。這不僅未達到吸引社會資金參與公路建設的目的，而且讓一些單位以極低的風險代價控制了巨額公路國有資產，并從中獲取巨額利益。至2005年底，浙江省轉讓杭州繞城高速公路等4個項目的收費權獲得125.75億元，其中86.6億元是受讓方以公路收費權作質押取得的銀行貸款。2003年，一家民營企業以3.23億元取得陜西省咸陽至永壽一級公路70%的收費權后，再以公路收費權作質押，向銀行貸款2.94億元置換其投資款，實際投資僅2900萬元。2005年6月，重慶成渝高速公路有限責任公司以其管理的成都至重慶高速公路（重慶段）收費權作質押向銀行貸款10億元，全部分給股東，用于收回投資本金。三是經營權轉讓程序不合規。一些項目招投標流于形式，不經評估或壓低轉讓價格等對外轉讓，造成國有資產損失。如安徽省政府違規壓低評估價格，低價轉讓合肥至巢湖至蕪湖高速公路，兩年半后又違規高價收回，共損失資金12.4億元。江蘇省2000年將京滬高速公路江蘇段的部分股權（連帶收費權）轉讓給一民營企業，在確定轉讓價格時僅考慮了公路建設成本，未按規定包含未來收益。四是少數地方領導利用職權違規插手公路經營權轉讓，一些單位和個人從中牟取私利，造成國有資產流失。如湖北省武漢至黃石高速公路對外轉讓時，由于少數領導插手，一名外商從中牟利14.5億元。
（四）部分收費公路管理問題突出。
一些地方政府和交通部門隨意擴大通行費減免范圍，導致“特權車”、“人情車”問題突出；少數收費公路管理部門機構臃腫，人員收入偏高，通行費收入主要用于人員經費開支。
1．遼寧、山東、重慶等15?。ㄊ校┙煌ú块T違規向5.9萬輛車發放“免費卡”、“公務卡”、“減繳證”等，造成“特權車”、“人情車”問題嚴重。僅2003至2005年，就違規減免一些政府機關、交通系統單位和個人應繳的通行費8.4億元。至2005年底，遼寧省交通主管部門違反國家有關規定，以稽查、監督等名義，為各級政府、人大、政協等部門以及公路系統辦理免費通行車9926輛。山東省交通部門自定政策，對部分地方政府、黨政機關和交通系統的車輛發放免費通行卡2654張，造成2004和2005年違規減免車輛通行費2926萬元。2006年4月，審計抽查廣東省收費公路收費結算系統，發現有免費通行卡9830張，據測算，2005年共免征通行費4072萬元。
2．部分收費公路管理部門機構臃腫、人員收入過高問題突出。一些地方政府對收費公路管理機構編制、經費支出等未建立明確標準，有的監管失控，造成一些收費站點人員超編嚴重。如湖北省荊門市鐘祥大橋管養所收費管理人員編制30人，實有144人；山西省運城市河津龍虎公路收費管理人員編制27人，實有156人。此外，也有一些收費公路管理人員收入過高。
3．財政性資金投入經營性公路形成的國有股權收益及轉讓公路國有資產取得的轉讓收益中，有58億元閑置或被挪用，沒有用于公路再建設或償還貸款，其中17.9億元被挪用于建樓堂館所、投資股票、發放獎金福利和對外投資等。如原隸屬于交通部、后劃轉招商局的華建交通經濟開發中心，至2006年9月底獲取20條公路國有股權收益28億元，但其中17.2億元資金閑置。云南省昆明至玉溪公路建設時，該省交通廳以舊公路折價4.8億元作為投資，截至2006年6月按投資比例應分得經營收益1.51億元，但這些投資及收益均未在交通廳賬面反映。吉林省投資建設的敦化至白石山等4條收費公路，截至2005年底取得通行費收入4.28億元，全部被負責公路經營管理的兩家非國有公司占有。此外，大量依托收費公路產生的服務設施收入、廣告收入等不納入統一核算，轉至賬外，或是成立內部職工參控股的經濟實體經營管理。僅2003至2005年，就有6.1億元被轉到賬外或經濟實體，其中0.83億元用于發放獎金、福利等。如河北省京石等高速公路公司1.2億元的服務區和廣告業務收入全部閑置在經營企業。截至2005年底，山西省大新等13條政府還貸公路的廣告收入、服務區收入、通信管道租賃收入等共計1.09億元，全部閑置在經營企業。
產生上述問題的原因，主要是一些地方政府和交通部門在公路建設的指導思想上存在偏差，未能正確認識公路建設與自身財力、資源承受能力、項目投資效益之間的關系，未能制定科學合理的公路發展規劃，希望較快發展公路，但又不愿承擔相應責任，把責任和負擔推向社會，將“適當發展收費公路”的原則改為主要依靠這項政策發展公路，違背了“貸款修路、收費還貸”政策的初衷。而且一些地方在收費公路的經營管理上，過于注重自身利益，導致違規設站收費、隨意延長收費期限、經營權轉讓不合理等問題屢禁不止。
此外，法律法規不完善的問題也比較突出。與《收費公路管理條例》配套的法律法規至今尚未出臺，致使該條例頒布前已建成的收費公路收費站設置過多過密、收費期限過長等問題一直未能有效解決。如四川省非封閉式收費公路上的284個收費站中，有131個間距不合規，其中10個收費站與其他站相距不到10公里。至2005年底，廣東省經營性公路批準的收費期限大于30年的有28個，最長的為55年。
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