臺灣知名學者邵宗海在接受新華社駐臺記者電話采訪時表示，民進黨刻意高調提出邀訪達賴，政治操作的意圖非常明顯，主要目的是要借此對馬英九施壓，從而在政治上獲利，并附帶在國際上制造議題。他認為，達賴喇嘛來臺，無論是只參與宗教活動或是還涉及政治活動，都將對當前良性發展的兩岸關系產生負面影響。
臺灣《工商時報》題為“重建家園才是要務”的新聞分析指出，民進黨是“以宗教為名祭出政治手段”，“選在災民最需心靈撫慰的時點投下可能影響兩岸關系的震撼彈”。文章說：“已經失去家園而痛心疾首的災民以及千千萬萬付出愛心的民眾，只希望能盡速重建家園，讓臺灣再度看到希望和活力，不料，看到的卻是政治惡斗。”
《聯合報》發表評論文章指出，臺灣南部7個縣市的民進黨籍縣市長串聯邀請達賴“來臺祈福”，表面看似符合人道精神，骨子里卻是高度的政治性動作，更牽動敏感的兩岸關系。文章說：“八八水災，是否要邀達賴來臺安慰民心，從臺灣民眾的宗教信仰或實際需求，都沒有迫切性。南部縣市長此時此議，動機昭然若揭。”
臺灣網民也紛紛對民進黨此舉予以抨擊。一位署名timmy的網民說：“對于大陸，臺灣有些人‘反統戰’竟然到了反人道的地步，但對于邀達賴喇嘛訪臺，卻有人說成是‘基于人道與宗教的考量’。真是天災過后，人禍不斷！”一位來自災區屏東的網民說：“民進黨只著眼在這個時刻繼續撈政治本錢，為年底的選舉搞小動作。這樣的政治操弄，給救災和災后重建會造成很不好的影響。”
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