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三、經費保障和組織實施
1．保障經費投入。“繁榮計劃”由中央財政專項支持。鼓勵各地區、各部門、各高等學校在中央財政資金支持的基礎上，結合自身特點，積極籌措經費支持“繁榮計劃”的實施。
2．加強經費管理。“繁榮計劃”中各類建設項目和經費使用堅持公開透明、公平公正原則。財政部、教育部聯合制定《高等學校哲學社會科學繁榮計劃專項資金管理辦法》。項目承擔高校要嚴格執行財政部、教育部有關規定，進一步完善經費管理制度，提高經費使用效益。在經費安排和使用上注重與國家社科基金、自然科學基金、中央高校基本科研業務費、“985工程”、“211工程”等的有機銜接，避免重復投入，形成合力，實現集成發展。
3．完善管理體制。教育部、財政部共同成立繁榮計劃管理委員會，負責審定“繁榮計劃”管理規章制度，決定“繁榮計劃”實施中的重大事項。管理委員會下設辦公室，負責制定“繁榮計劃”實施方案，編制年度工作計劃和預算建議，組織實施和日常管理工作。
4．堅持公平競爭、擇優立項。繁榮計劃管理委員會辦公室根據繁榮計劃建設目標和任務，制定年度項目指南，經繁榮計劃管理委員會審議通過后，面向全國高等學校組織申報和評審，提出立項方案報繁榮計劃管理委員會審批。各地區、各部門、各高校根據年度項目指南，發揮自身優勢，組織項目申報和實施，并提供相應條件和經費支持。
5．堅持項目建設與教育改革試點相結合。充分發揮“繁榮計劃”建設項目的導向作用和示范效應，推動教育改革和體制機制創新。鼓勵各地區、各高等學校將改革創新貫穿于項目實施的全過程，大膽探索，勇于實踐，敢于突破。根據統籌規劃、分步實施、試點先行、動態調整的原則，選擇部分地區和高等學校開展推廣應用、科研合作、學術評價、學科交叉等改革試點。